Le origini della città di San Giovanni Rotondo affondano le radici in epoche antichissime. Fin dall'età neolitica ( VI - V millennio a.C. ) insediamenti tribali di capannicoli sorgevano un po' ovunque sul suo territorio: sulle "Coppe" circostanti, nelle vallate e nelle pianure in gran parte acquitrinose. Con il trascorrere del tempo questi insediamenti assumevano l'aspetto di vere e proprie fortificazioni, con tecniche afferenti la tipologia urbanistica dei Castelli garganici. Nel II millennio a.C., il territorio veniva frequentato da gruppi tribali provenienti dalla penisola balcanica: dall'Illiria, dalla Tracia, dalla Frigia e dalla Troade in particolare.
La tribù dei Paiones ( Pavoni ), proveniente proprio dalla Troade, si stanziava stabilmente sulla cima del monte Castellano ( Crocicchia ), ove fondava la città di GARGAROS ( città di pietra ), dando allo stesso monte l'etimo di GARGARO, che in seguito sarebbe divenuto GARGANUS - GARGANO, estendendo, così, il suo toponimo a tutto il promontorio. Ai piedi del monte Castellano, a poche centinaia di metri dalla cima , i Gargari fondavano un altro sito, direttamente " gemmato " con quello posto sul monte e che essi appellavano anche GARGARA. In età del ferro ( X secolo a.C. ), il sito posto a valle richiamò e concentrò in sé quasi tutti gli abitanti sparsi negli insediamenti circostanti.
In età romana, l'insediamento a valle assumeva il toponimo di BISANUM, villaggio del dio dalle due facce ( GIANO ), mentre quello posto sulla cima del monte recava l'etimo di CASTELLANUM BISANI, Castello di Bisano (di Giano). Il dio Giano, venerato nel piccolo pantheon rotondo, edificato a valle, ad EST dell'abitato, celebrava il trionfo del sole e della luce e comprendeva in sé l'insediamento stesso.
In età medievale, il sito di BISANUM veniva assegnato al Monastero di San Giovanni in Lamis dei padri benedettini ( oggi Convento di San Matteo ) ed il diploma del conte normanno Enrico, dato a Monte Sant'Angelo il 14 novembre 1095, sanciva storicamente la fondazione della città con il nuovo toponimo di " SAN GIOVANNI ROTONDO ". Ancora una volta il vetusto e piccolo tempio rotondo, ormai cristianizzato e dedicato al Battista Giovanni, celebrava definitivamente il suo trionfo e consegnava alla Storia la nuova città.
San Giovanni Rotondo fu città regia con gli Svevi e Federico II vi lasciava la sua impronta, edificando la chiesa di sant'Onofrio ed appellandosi " Imperatore e Signore di San Giovanni Rotondo, A. D. 1231 ". La città, nello scorrere dei secoli, subiva le dominazioni angioine, aragonesi, spagnole, borboniche, ma seppe sempre conservare la sua dignità e mai subì l'oltraggio della schiavitù infamante per ottenere la sua libertà.

In età risorgimentale ( 1860 - 1861 ) piantò con orgoglio nelle sue piazze l'albero della libertà, offrendo in sacrificio la vita dei suoi figli minori. Sacrificio che si rinnovò nel 1920, quando il popolo sangiovannese gridò in piazza dei Martiri tutta la sua ansia di giustizia, di uguaglianza e di libertà. Le due guerre mondiali videro molti figli della Terra di San Giovanni Rotondo morire nelle trincee, sui campi di battaglia assolati o innevati, ma stranieri e così lontani dal patrio focolare: 176 furono i caduti del primo conflitto ed 86 nel secondo.
La Montagna della Croce, ove un dì sorgeva la città dei Gargari, che improntava di sé la vita di tutto un promontorio, oggi indica al mondo intero, nell'umile, sofferente e splendida figura di un frate francescano, Padre Pio, nuovi itinerari e cammini di luce, di Speranza, di Carità, di Rinnovamento. Nell'Anno Domini 1997 Padre Pio veniva dichiarato Venerabile e il 2 maggio 1999 veniva proclamato Beato.